Kafka Hibino, que siempre soñó con entrar a la División de Defensa para acabar con los kaiju que atacan Japón, finalmente logró llegar al examen de admisión, pero las cosas se salieron de control cuando los kaiju comenzaron a revivir tras la aparición de un misterioso kaiju humanoide. ¿De quién se trata? ¿Cuál es su propósito?